分子微生物學家，中國科學院院士，發展中國家科學院院士，美國微生物科學院院士?，F任復旦大學生命科學學院微生物學和免疫學系主任，中科院上海營養與健康研究所生物醫學大數據中心首席科學家，中科院深圳先進技術研究院合成生物學研究所首席科學家，中科院分子植物科學卓越創新中心合成生物學重點實驗室專家委員會主任，山東大學公共衛生學院健康醫療大數據研究院/國家健康醫療大數據研究院首席科學家。

研究領域涉及微生物基因組學、系統與合成生物學以及生物信息學等方面。曾參與啟動中國人類基因組計劃及相關生命“組學”研究，克隆若干遺傳病致病基因；主持若干重要微生物的基因組、功能基因組、比較和進化基因組研究，解析SARS冠狀病毒分子進化機制。在細菌蛋白質乙?；M和腸道微生物組等領域作出若干開創性工作。組建并領導中科院合成生物學重點實驗室，在酵母染色體重構，代謝組與代謝流量組研究，天然化合物細胞工廠制造，基因編輯技術研發等方向上，實現重要突破。近年來，參與組建并領導中國科學院上海生命科學研究院（現營養與健康研究所）生物醫學大數據中心，為建設國家生物醫學大數據綜合性服務平臺做好生物醫學大數據的基礎性工作。